W praktyce klinicznej oznacza to, że wynik badania mikrobiologicznego nie powinien być interpretowany bez uwzględnienia obrazu klinicznego. Przykładowo: wymaz ze skóry potwierdzający obecność S. aureus u chorego na AZS nie zawsze oznacza konieczność antybiotykoterapii, podobnie jak stwierdzenie Cutibacterium acnes nie jest równoznaczne z obecnością zakażenia. Kluczowe jest rozpoznanie sytuacji, w której mikrobiota współtworzy patologię (np. liszajcowacenie i sączenie w AZS, nawracające nadkażenia, nieprawidłowy zapach i ropna wydzielina w HS, oporne grudkowo-krostkowe zmiany w trądziku różowatym czy nawracające zapalenie mieszków włosowych).

Dysbioza może oznaczać spadek różnorodności, nadmierną dominację jednego gatunku, zmianę szczepów w obrębie tego samego gatunku, wzrost ekspresji genów wirulencji, obecność biofilmu lub utratę komensali hamujących patogeny^{1,4-6,9,11-15}.

Mikrobiom w chorobach zapalnych skóry

Atopowe zapalenie skóry

Najlepiej udokumentowanym przykładem znaczenia mikrobiomu w dermatologii pozostaje AZS. W zmianach aktywnych typowo obserwuje się zmniejszenie różnorodności bakteryjnej i dominację S. aureus, która koreluje z ciężkością choroby i zaostrzeniami^4-7. Zjawisko to nie wynika wyłącznie z obecności bakterii na powierzchni skóry. S. aureus produkuje proteazy, cytotoksyny, superantygeny i czynniki uszkadzające barierę, które nasilają zapalenie typu 2, aktywują keratynocyty, stymulują świąd i sprzyjają dalszemu drapaniu. Z kolei cytokiny typu 2, zwłaszcza IL-4 i IL-13, upośledzają różnicowanie naskórka, zmniejszają ekspresję białek bariery i modyfikują odpowiedź przeciwdrobnoustrojową. W konsekwencji powstaje środowisko selektywnie korzystne dla S. aureus.

Nowe dane wskazują, że skuteczne leczenie przeciwzapalne może szybko zmienić warunki mikrobiologiczne skóry. W badaniu z zastosowaniem dupilumabu u chorych na umiarkowane i ciężkie AZS redukcja S. aureus była obserwowana już po kilku dniach i poprzedzała pełną poprawę kliniczną¹⁶. Obserwacja ta świadczy, że mikrobiom nie jest odrębnym celem oddzielonym od immunologii skóry, ale dynamicznym elementem odpowiedzi na leczenie. Redukcja zapalenia typu 2 może przywracać warunki bardziej sprzyjające komensalom, a poprawa mikrobiologiczna może wzmacniać następnie efekt kliniczny.

Warto podkreślić, że wpływ leczenia AZS na mikrobiom jest w dużej mierze pośredni i wynika z poprawy całego mikrośrodowiska skóry. Hamowanie sygnalizacji IL-4 i IL-13 przez dupilumab redukuje zapalenie typu 2, co sprzyja odbudowie funkcji bariery naskórkowej, normalizacji ekspresji białek strukturalnych i AMP oraz ograniczeniu warunków ułatwiających dominację S. aureus. W związku z tym redukcja kolonizacji S. aureus obserwowana po leczeniu dupilumabem nie powinna być interpretowana jako klasyczne działanie przeciwbakteryjne, lecz jako efekt przywracania równowagi immunologiczno-barierowej skóry.

Podsumowując: w AZS uszkodzona bariera, podwyższone pH, dysbioza i kolonizacja skóry S. aureus wzajemnie się nasilają, prowadząc do aktywacji keratynocytów, komórek dendrytycznych, makrofagów i limfocytów oraz do produkcji cytokin zapalnych. S. aureus może dodatkowo nasilać świąd i stan zapalny – dzieje się tak za sprawą wydzielanych toksyn, proteaz i superantygenów, a także z powodu bezpośredniego wpływu bakterii na zakończenia nerwowe. Leczenie ukierunkowane na zapalenie typu 2 może przerwać to błędne koło, ponieważ poprawa funkcji bariery zmienia niszę skórną w sposób mniej korzystny dla patogenu, a bardziej sprzyjający komensalom^4-7,16.

Należy zaznaczyć, że potencjał kliniczny terapii mikrobiomowej w AZS nie jest jeszcze w pełni określony. Badania wczesnych faz z zastosowaniem szczepów komensalnych, takich jak Staphylococcus hominis A9 lub Roseomonas mucosa, potwierdziły bezpieczeństwo i potencjalną przydatność metod z tego zakresu, jednak wyniki badań randomizowanych nie są jednoznaczne^8,17-19. Badanie z wykorzystaniem preparatu FB-401 zawierającego trzy szczepy R. mucosa wykazało akceptowalny profil jego bezpieczeństwa, jednak nie potwierdziło przewagi nad placebo w populacji chorych z łagodnym i umiarkowanym AZS¹⁹. W związku z tym obecnie strategie mikrobiomowe należy traktować jako obiecujący kierunek translacyjny, a nie substytut leczenia przeciwzapalnego, odbudowy bariery skórnej i racjonalnego stosowania leków przeciwdrobnoustrojowych.

Inne dermatozy zapalne

Zaburzenia mikrobiomu obserwuje się również w innych dermatozach. W trądziku pospolitym coraz większe znaczenie przypisuje się nie samej obecności C. acnes, lecz zróżnicowaniu szczepowemu, metabolizmowi lipidów, produkcji porfiryn, aktywacji inflamasomu i interakcji z sebocytami oraz keratynocytami jednostki włosowo-łojowej^11,12. U części chorych długotrwała antybiotykoterapia może zmniejszać różnorodność mikrobiologiczną i sprzyjać oporności, toteż w leczeniu trądziku szczególnego znaczenia nabiera ograniczanie monoterapii antybiotykowej oraz stosowanie nadtlenku benzoilu jako elementu strategii redukującej selekcję szczepów opornych.

W trądziku różowatym mikrobiom jest powiązany z zaburzeniami odporności wrodzonej, nadreaktywnością naczyniowo-nerwową i nieprawidłową aktywacją katelicydyny. Znaczenie przypisuje się zarówno Demodex folliculorum, jak i drobnoustrojom towarzyszącym, w tym bakteriom zdolnym do indukcji odpowiedzi zapalnej. Charakterystyczne objawy, takie jak napadowy rumień, grudki, krosty, pieczenie i nadwrażliwość skóry, dobrze ilustrują, że mikrobiom działa tutaj w szerszej sieci interakcji, obejmującej naczynia, nerwy czuciowe i wrodzoną odpowiedź immunologiczną¹³.

W łuszczycy rola mikrobiomu jest mniej jednoznaczna niż w AZS. Choroba pozostaje przede wszystkim dermatozą immunologicznie zależną od osi IL-23/IL-17. Jednak mikrobiota może wpływać na próg aktywacji zapalenia, odpowiedź na uszkodzenie bariery oraz ryzyko zakażeń w trakcie leczenia immunomodulującego^14,15.

W trądziku odwróconym (HS – hidradenitis suppurativa) mikrobiom jest związany z okluzją mieszków, tworzeniem tuneli, biofilmu, przewlekłą aktywacją neutrofilową i odpowiedzią na antybiotykoterapię. W zaawansowanych zmianach często stwierdza się bakterie beztlenowe i wielogatunkowe społeczności drobnoustrojów. Prawdopodobnie nie są one pierwotną przyczyną HS, ale mogą utrwalać zapalenie i wpływać na zapach, wysięk, bolesność i nawrotowość zmian⁹. Z klinicznego punktu widzenia tłumaczy to, dlaczego terapia HS nie może sprowadzać się wyłącznie do eradykacji bakterii. Konieczne jest równoczesne leczenie zapalenia, występujących tuneli i komponentu mieszkowego.

Przykłady dotyczące znaczenia mikrobiomu w wybranych dermatozach przedstawiono w tabeli 2.

Tabela 2. Znaczenie mikrobiomu w wybranych chorobach zapalnych skóry^{4-8,11-16,17-19}

Metody badania mikrobiomu

W badaniach mikrobiomu skóry wykorzystuje się metody hodowlane, sekwencjonowanie genu 16S rRNA, sekwencjonowanie ITS (internal transcribed spacer) dla grzybów, metagenomikę shotgun, metatranskryptomikę, metabolomikę i proteomikę. Metody hodowlane pozostają użyteczne klinicznie, zwłaszcza gdy podejrzewa się zakażenie wymagające antybiogramu. Nie opisują jednak pełnej złożoności społeczności mikrobiologicznej. Z kolei techniki sekwencjonowania umożliwiają ocenę drobnoustrojów trudnych do hodowli i analizę różnorodności, ale nie zawsze pozwalają na odróżnienie mikroorganizmów żywych od DNA drobnoustrojów martwych, nie przesądzają o funkcji wykrytego taksonu i są podatne na zanieczyszczenia oraz różnice w sposobie pobrania materiału^1-3.

W codziennej praktyce dermatologicznej komercyjne testy mikrobiomu skóry mają obecnie ograniczoną wartość decyzyjną. Nie istnieją powszechnie zaakceptowane normy dla większości lokalizacji skóry, a wynik zależy m.in. od okolicy pobrania, aktywności choroby, stosowanych kosmetyków, leków miejscowych, antybiotyków, wieku, warunków środowiskowych. Dane mikrobiomowe są natomiast bardzo cenne w badaniach klinicznych, w ocenie mechanizmów działania leków, identyfikacji biomarkerów odpowiedzi oraz projektowaniu terapii celowanych.